Im 328p_BOOTLOADER Verzeichniss liegen schon Bootloader die man per ISP fläschen muss.
Per avrdudess.exe kann man sie flashen die Fuses sind L= 0xFF, H= 0xDE, E= 0xFD sogar die Epromdaten kann man sichern und zurück flashen.


Solltet ihr euch selber ein Bootloader compilieren ich habs mit AVRStudio4 gemacht einfach die Projektdatei aus AVRootloadder nehmen.
Beim Compilieren 
Das Hex File aus der Arduino SDK dann mit AVRootloader aufspielen.

AUSZUG aus AVRootloader.asm

.equ	UseE2Write			= 1			; EEPROM write command (have implicit verify)
.equ	UseE2Read			= 1	                ; wegen eprom lesen und schreiben

.equ	UseUartInvert	       		= 1			; invert UART levels (for RS232 drivers such as MAX232)


.set	XTAL				= 16000000	; 
.set	BootDelay			= XTAL/4	; about 250ms (don't set to fast to avoid connection problems)
.set	BootBaudrate		        = 19200		; gewünschte Baudrate

Ich habe die PD1 genommen da hängt das Servokabel für den EX Anschluß

Wenn ihr den Jeti USB-Adapter hat geht das astrein 